Sekans Varyantlarının Yorumlanması için Online Araç

Varyantları Sınıflandırmak için Kriterler:

_ PVS1 Nonsense, frameshift, ±1 veya 2 splice bölge varyantları, başlangıç kodonu, tekli veya çoklu ekzon delesyonları

_ PS1 Patojenik olduğu bilinen bir missense varyantla aynı noktada aynı a.a. değişimine yol açan varyant Ör: c.34G>C (p.Val12Leu) yerine c.34G>T (p.Val12Leu)
_ PS2 De novo varyant (anne ve babada olmadığı doğrulanmış)
_ PS3 İyi kurgulanmış in vivo veya in vitro fonksiyonel çalışmalarda gene ya da gen ürününe zararlı etkisinin gösterilmesi.
_ PS4 Kontrollerle karşılaştırıldığında etkilenmiş bireylerdeki varyant prevalansının anlamlı derecede artmasıdır.
_ PP1 (Segregasyon için güçlü kanıt varsa) Hastalığa sebep olduğu kesin olarak bilinen bir gende etkilenmiş diğer aile bireylerinde varyantın segregasyonu

_ PM1 Varyantın fonksiyonel domainde ve/veya iyi tanımlanmış mutasyonel hotspot bölgelerde olması
_ PM2 1000 GP, ESP, ExAC gibi kontrol popülasyonlarında varyantın gözlenmemesi veya resesif olgularda çok düşük sıklıkta olması.
_ PM3 Resesif hastalıklarda patojenik bir varyantla trans olarak belirlenen varyant
_ PM4 Tekrar bölgeleri dışında in-frame insersiyon/delesyonlar veya dur kodonu kaybına neden olan varyantlar
_ PM5 Daha önceden bilinen patojenik bir missense değişimle aynı pozisyondaki amino asidi etkileyen başka bir missense değişim. Ör: p.Trp38Ser ve p.Trp38Leu
_ PM6 De novo olarak düşünülen varyant (anne ve babada olmadığı doğrulanmamış)
_ PP1 (Segregasyon için orta dereceli kanıt varsa) Hastalığa sebep olduğu kesin olarak bilinen bir gende etkilenmiş diğer aile bireylerinde varyantın segregasyonu

_ PP1 Hastalığa sebep olduğu kesin olarak bilinen bir gende etkilenmiş diğer aile bireylerinde varyantın segregasyonu
_ PP2 Bir gende tespit edilen benign missense varyant çok az sayıda ise ve ilgili gendeki missense varyantlar hastalığın yaygın sebebi ise, tespit edilen yeni missense varyant
_ PP3 Çoklu bilgisayar tahmin algoritmalarında varyantın zararlı olarak öngörülmesi
_ PP4 Hastanın fenotipi ve aile hikayesi ilgili hastalık için çok tipikse ve bu hastalığa sadece tek bir gen sebep oluyorsa varyant bu sınıfta değerlendirilebilir.
_ PP5 Yakın zamanda güvenilir kaynaklarda varyantın patojenik olarak değerlendirilmesi

_ BA1 Allel frekansı >%5

_ BS1 Allel sıklığının hastalık için beklenenden yüksek olması
_ BS2 Erken yaşta tam penetransı beklenen bir hastalık için varyantın sağlıklı bireyde gözlenmesi
_ BS3 İyi kurgulanmış in vivo veya in vitro fonksiyonel çalışmalarda protein fonksiyonu veya spilicing üzerine zararlı etkisinin gösterilememesi
_ BS4 Etkilenmiş aile bireylerinde segregasyonun olmaması

_ BP1 Hastalık esas olarak nonsense değişimler sonucu oluşuyorsa; burada tespit edilen gende yeni bir missense varyant bulunması
_ BP2 Tam penetransı olan dominant bir hastalıkta patojenik bir varyantla trans olarak belirlenen varyant; herhangi bir kalıtım kalıbında patojenik bir varyantla cis olarak gözlenen varyant.
_ BP3 Bilinen bir fonksiyonu olmayan tekrar bölgelerinde in-frame insersiyon/delesyonlar
_ BP4 Çoklu bilgisayar tahmin algoritmalarında varyantın zararsız olarak öngörülmesi.
_ BP5 Alternatif genetik sebebi net olarak bilinen bir vakada gözlenen başka bir varyant
_ BP6 Güvenilir kaynaklarda varyantın benign olarak değerlendirilmesi
_ BP7 A Sinonim varyant (yüksek derece korunmuş bölgelerde olmayan ve splicing’e etkisi olmayan)

_ Derinlik, kalite veya daha önce gözden geçirilmiş diğer verilere göre bilinen bir Sekans Artefaktı